I musei non sono musei se non conservano una collezione di reperti da preservare e mostrare. Il Museo virtuale degli ecosistemi non ha una sua collezione, ma può mettere a disposizione le collezioni di musei di storia naturale, per renderle consultabili a tutti. Questa sezione del Museo virtuale contiene un archivio digitale di alcuni reperti che sono conservati in musei di storia naturale italiani. Da questa pagina si possono consultare le schede relative a questi reperti, che sono classificate seguendo i vocabolari e la struttura definiti per i beni naturalistici dall'Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione (ICCD) del Ministero della Cultura